يتألف المجلس العلمي الأعلى من أعضائه السادة العلماء، ويقوم بمهمة كاتب عام لهذا المجلس السيد محمد يسف الذي تم تعيينه بتاريخ 26 مارس 2000م.
وقد حدد الظهير الشريف رقم: 1.03.300 المؤرخ في 2 ربيع الأول 1435هـ(22 أبريل 2004م) المهام المناطة بالمجلس العلمي الأعلى، فيما يلي:
دراسة القضايا التي تعرضها عليه جلالتنا الشريفة (أمير المؤمنين جلالة الملك).
إعداد برنامج عمل سنوي يتضمن الأنشطة المقترح القيام بها من قبل المجالس العلمية المحلية.
الإشراف على عمل المجالس العلمية المحلية وتنسيق أنشطتها.
إصدار التوجيهات والتوصيات الرامية إلى ترشيد عمل المجالس العلمية المحلية، وتفعيل دورها في تأطير الحياة الدينية للمواطنين والمواطنات المغاربة من المسلمين.
إعداد النظام الداخلي للهيئة العلمية المكلفة بالإفتاء والمصادقة عليه.
إحالة طلبات الإفتاء في القضايا المعروضة عليه إلى الهيئة المكلفة بالإفتاء قصد دراستها وإصدار فتاوى في شأنها.
إقامة علاقات تعاون علمي مع الهيئات والمنظمات الإسلامية ذات الاهتمام المشترك على الصعيد الوطني والدولي.
ظهير إعادة التنظيم
إعادة تنظيم المجالس العلمية بموجب الظهير الشريف رقم: 1.03.300 صادر في 2 ربيع الأول 1425هـ (22 أبريل 2004م).
إحداث الهيئة العلمية المكلفة بالإفتاء بموجب الظهير الشريف رقم: 1.03.300 صادر في 2 ربيع الأول 1425هـ (22 أبريل 2004م)
إحداث اللجنة الشرعية للمالية التشاركية لدى الهيئة العلمية المكلفة بالافتاء بموجب الظهير الشريف 1.15.02 الصادر في 28 ربيع الأول 1436هـ (20 يناير 2015م).
ظهير التأسيس
ظهير شريف رقم: 1.80.270 بتاريخ 3 جمادى الآخر 1401هـ(8 أبريل 1981م) يتعلق بإحداث المجلس العلمي الأعلى والمجالس العلمية الإقليمية